Han innledet sin karriere som kadett i 1771 og ble utnevnt til underløytnant (fenrik) i 1772. I 1811 var han generalløytnant og kommanderende over de svenske styrkene i Pommern. En kort periode var han visestattholder samme sted. Han var knyttet til kong Gustav IV Adolfs hoff helt fram til denne ble avsatt i 1809.
Han var overstattholder i Stockholm fra 1812 og Mörner viste sin administrative dyktighet og kronprins Carl Johan ble kjent med ham mens han satt i dette embetet.
Han var riksstattholder i Norge1816–1818, og ble utnevnt til feltmarskalk i 1816, rett for utnevnelsen til embetet i Norge. Han vant raskt tillit i Norge, og da han etter to år fratrådte sin stilling var det med «Nationens Agtelse og Erkjendlighed for den Dygtighed och hæderlige Nidkjærhed, hvormed han havde bestyret de ham anbetroede Embeder».
