Bundesliga i fotball for kvinner 1998–99 er den niende sesongen av Bundesliga i fotball for kvinner, Tysklands øverste fotballiga. Det er også den andre sesongen med felles tabell.
Sesongen begynte den 22. august 1998 og sluttet den 23. mai 1999. 1. FFC Frankfurt (tidligere SG Praunheim) vant sin første Bundesligatittel, og ble med dette det beste Frankfurt-laget. Duisburg endte tre poeng bak. Sportfreunde Siegen endte på tredjeplass, 19 poeng bak andreplassen. FFC Heike Rheine og SC Freiburg rykket ned.
K = Kamper spilt; V = Kamper vunnet; U = Kamper endt uavgjort; T = Kamper tapt; + = Scorede mål; - = Inslupne mål; MF = Målforskjell; P = Poeng
Vinner er markert i grønt og nedrykkslag i rosa. (N) markerer lag som rykket opp før sesongen, og (M) markerer forrige sesongs seriemester.