Hägerström var sønn av en prest og vokste opp i et religiøst hjem; moren var påvirket av Rosenius' vekkelsesbevegelse. Han opplevde en vekkelse som gymnasiast, og begynte å studere teologi ved Uppsala universitet. Men her fattet han i stedet interesse for filosofi. Han ble fil.kand. i filosofi og fikk i 1893 doktorgraden. Samme år ble han utnevnt til dosent i praktisk filosofi. Fra 1911 til 1933 var han professor.
Han regnes som grunnleggeren av Uppsalafilosofien, som forkastet den konservative boströmianismen og enhver form for metafysikk. Han er særlig kjent for sin såkalte «verdinihilisme» (värdenihilism): En moralsk forestilling kan ikke være sann eller usann. Etikken er derfor ikke en lære i moral, men en lære om moralen slik man kan observere den ved empiri.
^abEncyclopædia Britannica Online, oppført som Axel Hagerstrom, Encyclopædia Britannica Online-ID biography/Axel-Hagerstrom, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]