De 100 meter vrije slag mannen op de Wereldkampioenschappen zwemmen 2009 vond plaats op 29 juli, series en halve finale, en 30 juli 2009, finale. Op dit onderdeel mogen de zwemmers zelf bepalen in welke slag ze de wedstrijd zwemmen (in tegenstelling tot de rugslag, schoolslag en vlinderslag nummers), bijna alle zwemmers maken gebruik van de borstcrawl. Omdat het zwembad waarin de wedstrijd gehouden werd 50 meter lang is, bestond de race uit twee baantjes. Na afloop van de series kwalificeerden de acht snelste zwemmers zich voor de finale. Titelverdedigers waren de ItaliaanFilippo Magnini en de CanadeesBrent Hayden.