In 1962 startte het Humanistisch Verbond een opleiding voor geestelijk raadslieden in de strijdkrachten. Twee jaar later werd het Humanistisch Opleidings Instituut (HOI) opgericht, dat aanvankelijk een tweejarige opleiding, later een vierjarige opleiding verzorgde. Het was een hogere beroepsopleiding die bij afronding een tweedegraads bevoegdheid voor humanistisch vormingsonderwijs (HVO) opleverde. Deze opleiding werd door de ministers van Defensie en Justitie erkend.
In mei 1986 richtte het Humanistisch Verbond een instituut voor wetenschappelijk onderwijs en onderzoek op; voor dit instituut werd al spoedig de naam Universiteit voor Humanistiek vastgelegd. Een opleiding op wetenschappelijk niveau werd noodzakelijk geacht vanuit maatschappelijke ontwikkelingen en de hoge eisen die aan de geestelijk werkers werden gesteld. Ook zou de beoogde universiteit beter in staat zijn om, door middel van wetenschappelijk onderzoek, de theoretische basis voor het geestelijk werk verder te ontwikkelen.
In januari 1989 werd het principebesluit tot aanwijzing van de UvH als bijzondere universiteit door de minister van Onderwijs en Wetenschappen aan de Tweede Kamer voorgelegd. In juli 1991 werd deze aanwijzing van de UvH een feit.
De universiteit wordt grotendeels bekostigd door het Rijk. De opleiding heeft het karakter van een wetenschappelijke beroepsopleiding, vergelijkbaar met de door theologische universiteiten verzorgde kerkelijke opleidingen.
In de zomer 2009 is de UvH verhuisd van twee locaties op de Drift en de Van Asch van Wijckskade naar een historisch pand aan de Kromme Nieuwegracht in de binnenstad van Utrecht.
1999 - Rudi van den Hoofdakker (ook bekend als de dichter Rutger Kopland)
1999 - Martha Nussbaum, een Amerikaanse classica en filosofe, hoogleraar ethiek en rechtsfilosofie aan de Universiteit van Chicago
2004 - Seyla Benhabib (Istanbul 1950) is Professor of Political Science and Philosophy aan Yale University
2004 - Otto D. Duintjer was van 1970 tot 1987 hoogleraar Kennisleer en Metafysica aan de Universiteit van Amsterdam; vanaf 1987 tot aan zijn emeritaat in 1997 had hij de opdracht Filosofie en Spiritualiteit aan dezelfde universiteit.
2018 - George Fitchett, professor en hoofd van de onderzoeksafdeling geestelijke verzorging van Rush University in Chicago
2018 - Philip Kitcher, John Dewey Professor of Philosophy aan de Columbia University in New York
2018 - Hartmut Rosa, professor aan de Friedrich Schiller Universiteit van Jena en directeur van het gerenommeerde Max-Weber-Kolleg van de Universiteit van Erfurt
