Het klimaat in São Joaquim kenmerkt zich door de lage temperaturen. In de gemeente worden de laagste temperaturen van Brazilië bereikt en er is bij tijd en wijle kans op sneeuw.
Economie
De economie van São Joaquim was aanvankelijk gebaseerd op veeteelt, maar kreeg in de jaren zeventig een impuls door verschillende vormen van fruitteelt, waaronder appels. Tegenwoordig zijn ook de wijnbouw en het toerisme van belang.