Samper begon op zesjarige leeftijd met voetballen in de Escuela del FC Barcelona. Hij was aanvoerder in diverse jeugdelftallen en werd met de Juvenil A, het hoogste jeugdelftal van de club, in 2013 regionaal kampioen.[1] In 2013 kwam de middenvelder bij de selectie van het tweede elftal. Samper debuteerde op 19 augustus 2013 in de Segunda División A in een wedstrijd tegen Mirandés. Hij speelde op 17 september 2014 zijn eerste wedstrijd in het eerste elftal van FC Barcelona, in de UEFA Champions League tegen Apoel Nicosia. Sempter verlengde op 19 juli 2016 zijn contract bij de club tot medio 2019.[2] Hij werd verhuurd aan Granada en Las Palmas, maar brak niet door bij FC Barcelona. Op 4 maart 2019 werd zijn contract na achttien jaar ontbonden. In maart 2019 maakte Vissel Kobe bekend dat Samper een vierjarig contract had getekend bij de Japanners. In juli 2023 werd bekendgemaakt dat Samper een contract had ondertekend voor FC Andorra, eigendom van de Kosmos Holding Group van voormalig ploeggenoot Gerard Piqué.