Granada CF werd opgericht op 14 april 1931. De club speelde voor het eerst in de Primera División in het seizoen 1941/1942. In totaal speelde Granada CF 17 seizoenen in de hoogste Spaanse divisie, maar kon nooit een prijs winnen. De beste klassering was de zesde plaats in de jaargangen 1971/1972 en 1973/1974. De club bracht het meeste seizoenen door in de Segunda División A (30). In 2006 promoveerde Granada CF als kampioen van de Tercera División (vierde klasse) naar de Segunda División B. Op 29 januari 2007 stapte trainer Josip Visnjic na tegenvallende resultaten op. Tot het einde van het seizoen nam José Víctor de honneurs waar. In 2010 werd de club kampioen van de Grupo IV van de Segunda B en via de play-offs promoveerde Granada CF vervolgens naar de Segunda A. In het seizoen 2010-2011 promoveerde de club na 35 jaar weer naar de Primera División. Thuis in de finale van de play-offs om promotie speelde het met 0-0 gelijk tegen Elche CF, mede door een door Granada gemiste strafschop in de blessuretijd van de wedstrijd. In de return werd het 1-1, Granada promoveerde op basis van het uitdoelpunt. In het seizoen 2016-2017 eindigde Granada als 20e in the Primera División waardoor het rechtstreeks degradeerde naar de Segunda División A. In het seizoen 2018-2019 behaalde Granada CF de tweede plaats in de eerste divisie van Spanje, goed voor promotie naar het hoogste niveau. Vanaf het seizoen 2019-2020 kwam de club weer uit op het hoogste niveau.
De club heeft een samenwerkingsverband met het Italiaanse Udinese.