De plant wordt 50 - 120 cm hoog en is moeilijk uit de grond te trekken. De paddenrus maakt een losse zode. De plant heeft lange, forse, kruipende, zich vertakkende wortelstokken. De holle wortelstok is 5 mm dik en heeft bruine schubben. De vegetatieve stengels zijn kort en hebben één stengelachtig, 2 - 4 mm dik blad. De tamelijk stevige, korte oortjes van de bladscheden zijn bruin. De voet van deze stengels wordt omgeven door enkele bladscheden zonder bladschijf. Ongeveer in het midden van deze stengels zitten één tot twee 2 bladeren met bladschijf. De generatieve stengels zijn onder de bloeiwijze hol en hebben op regelmatige afstand dwarse tussenschotten. Onder de bloeiwijze zijn deze stengels gevuld met los merg. De holle bladeren zijn stengelachtig rolrond en hebben dwarsschotten met doorboringen. Tussen de dwarsschotten zitten lengteschotten.
In de lengte doorgesneden, generatieve stengel
De plant bloeit van juni tot in september met witachtige tot strokleurige, later vaak rood aangelopen bloemen, die in talrijke bloemhoofdjes zitten. De losse bloeiwijze is groot, heeft soms twee hoofdtakken met aan de voet enkele schutbladen. Het onderste schutblad is meestal korter dan de bloeiwijze. De zijtakken zitten haaks afstaand tot iets teruggeslagen aan de hoofdas van de bloeiwijze. De hoofdjes zijn tot 5 mm lang en bevatten 5 -12 bloemen. De bloem heeft zes 2 -2,5 mm evenlange, aan de top afgeronde bloemdekbladen. De bloem heeft ook zes meeldraden.
De vrucht is een veelzadige, driekantig-eivormige, zijdelings samengedrukte doosvrucht met een korte stekel aan de top. De roodbruine zaden hebben geen aanhangsel en een netvormige tekening. Het zijn lichtkiemers.
