Magdalena Kožená (Brno, 26 mei1973) is een Tsjechischemezzosopraan. Ze zingt voornamelijk opera, maar ze is ook bekend van de vele recitals die ze heeft gegeven. Veel van haar werk is op cd vastgelegd.
Eigenlijk wilde Kožená pianist worden, maar toen ze op haar zesde haar hand brak, richtte ze zich meer op zingen. Ze studeerde aan het conservatorium van Brno en later aan het College of Performing Arts in Bratislava. Daar studeerde ze in 1995 af. In hetzelfde jaar won ze een prijs tijdens de International Mozart Competition. Daarna werd ze voor één seizoen lid van het ensemble van de Volksoper Wien.
Kožená zong in menig Mozart-opera, onder meer de rollen van Cherubino, Zerlina, Dorabella en Idamante. Met het Orchestra of the Age of Enlightenment onder leiding van Sir Simon Rattle (haar partner) nam ze een Mozart-album op. Verder zong en zingt ze ook in werk van Gluck, Debussy, Janacek en Händel.
Bij het platenlabel Deutsche Grammophon heeft ze talrijke bekroonde albums uitgebracht.