Hernández werd in de nacht van 2 op 3 februari 2017 gearresteerd door de Spaanse politie. De verdediger van Atlético Madrid zou zijn vriendin hebben mishandeld en moest zich verantwoorden voor het vermeende delict.[5] Ook zij moest zich voor de rechter verantwoorden voor haar aandeel in de ruzie. Hij kreeg een contactverbod van zes maanden.[6]
Bayern München
Hernández verruilde Atlético Madrid in juli 2019 voor Bayern München. Dat betaalde 80 miljoen euro voor hem, een clubrecord.[7]
In het seizoen 2019/20 pakte de recordtransfer nog niet uit zoals gepland. Mede door blessures en sterke concurrentie wist Hernández geen vaste basisplaats te veroveren.[8] Hij zag vanaf de bank hoe Bayern dat de Champions League won door in de finale Paris Saint-Germain te verslaan.
Het seizoen erop was hij nagenoeg blessurevrij en speelde hij afwisselend als linksback en centrale verdediger. In de Champions League-groepswedstrijd tegen Red Bull Salzburg (6-2 overwinning) maakte Hernández zijn eerste goal voor de club. Hij werd dat seizoen voor de tweede keer kampioen van de Bundesliga. In het seizoen 2021/22 was hij voornamelijk centrale verdediger, omdat Alphonso Davies een sterke ontwikkeling doormaakte als linksback. Samen met landgenoot Dayot Upamecano was hij dat seizoen het favoriete centrale verdedigingsduo.
Hernández speelde in de eerste seizoenshelft van 2022/23 elf wedstrijden voor hij naar het WK 2022 vertrok. Hier liep hij in de eerste wedstrijd een gescheurde voorste kruisband op. Daarmee had hij zowel zijn laatste wedstrijd op het WK als voor Bayern München gespeeld, bleek later. Hij begon aan een revalidatie die hem de rest van het seizoen uit de roulatie hield.
Paris Saint-Germain
Hernández tekende in juli 2023 een contract tot medio 2028 bij Paris Saint-Germain. Dat betaalde circa 50 miljoen euro voor hem aan Bayern München.[9] Hernández ging hiermee voor het eerst in zijn geboorteland spelen.
Hernández maakte deel uit van verschillende Franse nationale jeugdselecties. Hij debuteerde op 23 maart 2018 onder bondscoach Didier Deschamps in het Frans voetbalelftal, tijdens een met 2–3 verloren oefeninterland thuis tegen Colombia. Hij kwam in de 76e minuut in het veld als vervanger voor Lucas Digne. Deschamps nam Hernández drie maanden later mee naar het WK 2018. Hierop was hij basisspeler in alle wedstrijden van het Franse team. In de met 4–2 gewonnen finale tegen Kroatië gaf hij de assist waaruit Kylian Mbappé het vierde doelpunt voor de Fransen maakte. Tijdens de eerste wedstrijd van Frankrijk op het WK 2022 viel hij uit met een kruisbandblessure.