In zijn vrije tijd componeerde hij in Spa veel stukken voor orgel, een instrument dat hij goed beheerste. Hij kwam er volledig tot rust. Jaar na jaar schreef hij in alle genres van de absolute muziek. Hij beperkte zijn catalogus zelf tot 137 werken. Het laatste daarvan werd in 1951 geschreven. Twee jaar later overleed hij, ziek en vermoeid.
Composities
Werken voor orkest
1893 Marche nuptiale
1896 Divertissement, op. 9
1898 Marche cortège, voor orgel en orkest, op. 13
1898 Symphonie, voor orkest, op. 15
1900 Concert voor cello en orkest
1908 Clair de lune, op. 33
1910 S'Arka, voor orkest, op. 36
1913 Impressions d'Ardenne, op. 44
1917 Deux pièces symphoniques, op. 56
1924 Hymne, voor orgel en strijkorkest, op. 78
1926 Symphonie concertante, voor groot orgel en orkest, op. 81
Werken voor harmonie- en fanfareorkest
1928 Pièce Symphonique - Prelude et Variations, voor piano en harmonieorkest, op. 84
1930 Heroïsche Sonate (Sonata eroïca), voor harmonieorkest, op. 94
1939 Ouverture - Fanfare, voor harmonieorkest, op. 110
1945 Fanfare, voor fanfareorkest
1947 Fanfare football, voor fanfareorkest
Fantaisie over twee Waalse Volksliederen, voor harmonieorkest
Missen en gewijde muziek
1890 Sancta Mater Theresia, voor Bariton solo, cello solo, vierstemmig koor en orgel
1895 Regina coeli, voor vierstemmig gemengd koor, orkest en orgel
1895 Sanctus, voor vierstemmig gemengd koor, orkest en orgel
1945 Messe en l'honneur du Saint-Sacrement, voor gemengd koor, orgel, 4 hoorns, 2 trompetten, 3 trombones, tuba
Kamermuziek
1923 Concert à cinq, voor fluit, viool, altviool, cello en harp
1924 Danse lente, voor fluit en harp of piano
1925 Deux pièces en trio op.95, voor viool, cello, piano
1932 Harpe, voor strijkkwartet en harp
Fanfare héroique, voor 3 trompetten, 4 hoorns, 3 trombones, tuba, contrabastuba, grote trom, bekkens, kleine trom
Trio "Prelude, variations et final", voor piano, viool en altviool, op. 30
Légende Naive, "Aquarelles", voor viool en piano, op. 59
Werken voor orgel
1890 Elévation, W11
1890 Préludes et versets (20), W9
1891 Elégie
1892 Pièce pour Grand orgue, W28
1894-1895 Cinq pièces, op. 5
Andante Cantabile
Offertoire (Grand Choeur)
Communion
Offertoire
Pastorale
1905 Pastorale, W134
1908 Cantilene, W143
1908 Pièces (3)
1910-1911 Quatre pièces, op. 37
Cantabile
Impromptu-Caprice
Prière
Choral
1913 Offertoire sur l'Alma redemptoris mater, voor orgel of harmonium, W169
1915 Deux Pièces, op. 47
Prélude Elégiaque
Pensée d'Automne
1917 Deux Pièces, op. 53
Chant de Mai
Menuet-Scherzo
1918 Le bon chîval
1930 Légende, W287
1937 Petit Prélude, W319
1937 Toccata in Des, op. 104
1938 Deux Pièces, op. 108
Scherzetto
Prière
1940-1941 24 Petits Préludes dans tous les tons (voor piano) op. 116
1941 Prélude et Fugue in Es, op. 121
1941 Improvisation-Pastorale, W338
1944 Gaudeamus: Verset pour la fête de l'Assomption, W350
Chorale in E
Feuille, W152
Feuille, W153
Fugue (dans le style de J.S. Bach), W88
Petite Pièce, W313
Sarabande dans le style ancien
Werken voor piano
1922, Treize Préludes, voor piano, op, 69
1929 Toccata, voor piano, op. 91
1929 Sonatine, voor piano, op. 88
Werken voor harmonium
1911 Trois pièces faciles, voor harmonium, op. 38
Marche Religieuse
Larghetto
Pastorale
1919 In Memoriam, 4 improvisaties voor harmonium, op. 63
Bibliografie
Gérard Pinsart: Ces musiciens qui ont fait la musique. Autographes et manuscrits musicaux du 16e au 20e siècle, catalogue d'exposition, (Musée Royal de Mariemont du 26 octobre 1985 au 31 mars 1986) , Morlanwelz, Musée Royal de Mariemont, 1985-86, 251 p.
Diana von Volborth-Danys: CeBeDeM et ses compositeurs affilies : biographies, catalogues, discographie, Bruxelles: Centre belge de documentation musicale, 1977. Vol. I : A-L : 1977 : 211 p.; Vol. II : M-Z : 1980 : 276 p.
Music in Belgium : contemporary Belgian composers, Brussels: Manteau, 1964, 158 p.
Charles Leirens: Belgian music, New York: Belgian Government Information Center, 1963
Karel De Schrijver: Bibliografie der Belgische Toonkunstenaars sedert 1800, Leuven : Vlaamse Drukkerij, 1958, 152 p.
L.E. Jooris: Memorial usuel : des musiciens et dilettanti, Bruxelles: Imprimerie A. et C. Denis Preres, 1911
John Scott Whiteley: Joseph Jongen and his organ music, Pendragon Press, 1997, ISBN 0-945193-82-3