In de Tweede Wereldoorlog trad Kusociński toe tot het Poolse leger en raakte tot tweemaal toe gewond. Na zijn genezing was hij actief in het Poolse verzet tijdens de Duitse bezetting. Op 26 maart 1940 werd hij door de Gestapo gearresteerd en gevangengezet in de Mokotówgevangenis. Drie maanden later was hij een van de prominente Polen die door de Duitsers bij de bossen van Palmiry werd gefusilleerd.
Te zijner ere wordt sinds 1954 de Kusociński Memorial gehouden, de bekendste wedstrijd van de Poolse atletiek.
