Blokker werd geboren in de Amsterdamse Admiralenbuurt en groeide op in een vrijzinnig-liberaal gezin. Zijn vader was kantoorbediende. Vanaf zijn zevende jaar zag Blokker met zijn vader wekelijks het Polygoonjournaal in de Cineac. Blokker doorliep de H.B.S. aan de Keizersgracht en begon in 1944 aan het staatsexamen gymnasium-alfa. Vervolgens studeerde hij Nederlandse taal- en letterkunde en geschiedenis, maar hij voltooide geen van beide studies.
Hij werkte daarna bij de VPRO, waar hij eindredacteur was bij de televisie, een onovertroffen spreker van eigen commentaarteksten en onder meer initiator van het geopolitieke programma Diogenes.
Gedurende zijn televisieperiode bij de VPRO werd Blokker columnist bij de Volkskrant. Hij was in de jaren zestig en zeventig gezichtsbepalend voor het linkse intellectuele volksdeel en blonk uit in satirische stukjes over de linkse mode; gebundeld in onder andere Ben ik eigenlijk wel links genoeg? (1974). Ten slotte werd hij adjunct-hoofdredacteur bij de Volkskrant. In 2006 kwam het tot een breuk en ging hij publiceren in NRC Handelsblad. Blokker bleef tot het einde van zijn leven actief als journalist, voornamelijk als columnist voor NRC Next.
Van 1983 tot 1993 was Blokker voorzitter van het Productiefonds voor de Nederlandse Film.
Blokker schreef verder filmscenario's, onder andere voor Bert Haanstra's klassieker Fanfare (1958) en voor Makkers, staakt uw wild geraas (1960) van Fons Rademakers. Voor de VPRO was hij ook de bedenker van een reeks televisiefilms op basis van Herodotus. Minder bekend was hij als schrijver van kinderboeken, waarvan het merendeel onder het pseudoniem Ardo Flakkeberg verscheen. Daarnaast gebruikte hij het pseudoniem Okko Schuit.
In 2005 schreef hij samen met zijn zoons Jan Blokker jr. en Bas Blokker het geschiedkundige werk Het vooroudergevoel - De vaderlandse geschiedenis, met schoolplaten van Johan Herman Isings. Het trio publiceerde in 2006 Er was eens een God - Bijbelse geschiedenis, waarin ze veel verhalen uit de Bijbel hervertellen en in een historische context plaatsen.
Controverse
Op 30 januari 2002 schreef Blokker in de Volkskrant: Pim Fortuyn is definitief de Mussolini, de Duce, van de eenentwintigste eeuw geworden en men zal op zoek moeten naar een betrouwbaar onderduikadres. Bij de vorige Duce duurde het drieëntwintig jaar vóór hij ondersteboven werd opgehangen aan een benzinepomp aan de Zwitserse grens. Door de moord op Fortuyn enkele maanden later kreeg die zin een wrange nasmaak, waarbij Blokker werd verweten meegeholpen te hebben aan de demonisering van Fortuyn.
1993 - Gouden Kalf (Cultuurprijs) voor al zijn verdiensten voor de Nederlandse film
1995 - Gouden Kalf (Vakprijs: scenario)
2003 - Gouden Ganzenveer voor zijn uitzonderlijke bijdrage aan de Nederlandse geschreven cultuur
2004 - EredoctoraatRijksuniversiteit Groningen, "In het bijzonder voor zijn columns gedurende tientallen jaren in de Volkskrant, met een accent op zijn onafhankelijke, kritische bijdragen over de relatie tussen de sociale wetenschappen en het publiek."
2006 - De Machiavelliprijs (prijs voor publieke communicatie), voor zijn hele oeuvre als dagbladcolumnist, omdat Blokker er generaties lang in was geslaagd de Nederlandse samenleving een spiegel voor te houden.
↑Dit boek verscheen zonder titel als vervolgverhaal in het tijdschrift Kris Kras. Naar verluidt wist niemand er een geschikte titel voor te bedenken. Pas bij de laatste aflevering werd de titel vastgesteld.