Hij was de zoon van Anton Ulrich van Brunswijk-Wolfenbüttel en Anna Leopoldovna, zelf een dochter van Ekaterina Ivanovna, een zus van tsarina Anna Ivanovna. Hij was nog een baby toen hij zijn oudtante tsarina Anna Ivanovna in 1740 opvolgde als tsaar en kreeg dus een regentenraad naast zich. De eerste drie weken was zijn belangrijkste regent Ernst Johann Biron, maar die werd wegens machtspolitiek en wanbeleid afgezet door zijn aartsrivaal Burkhard Christoph von Münnich en alhoewel eerst ter dood te zijn veroordeeld, werd hij daarop naar Siberië verbannen. In plaats daarvan werd zijn moeder als regentes aangewezen.
Ivan VI werd gekozen in plaats van Elisabeth Petrovna hoewel eigenlijk zij, als dochter van Peter de Grote en Catharina I, de troon hoorde te bestijgen. Dit werd echter tegengewerkt door de regerende adel onder leiding van de Dolgoroekov-familie, die een hekel had aan alles wat aan Peter de Grote herinnerde. Ivan VI was kerngezond en was dus een obstakel voor Elisabeth. Daarom zette zij, samen met een aantal vrienden, haar toekomstige man en de hulp van de paleiswacht, Ivan af en liet hem en zijn naaste familieleden gevangennemen en vastzetten in de buurt van Riga. Later werd Ivan VI in 1756 in eenzame gevangenschap als 'onbekende' opgesloten in fort Sjlisselburg. Toen zijn identiteit dreigde bekend te worden, werd hij in 1764 volgens voorafgaande instructies omgebracht.