Na de val van Antwerpen in 1585 zag hij zich als protestant genoodzaakt de stad te verlaten en hij vestigde zich in het protestante bolwerk Frankenthal in de Palts in Duitsland. Daar waren nog andere landschapschilders werkzaam, die samen bekend zijn geworden als de Frankenthaler Schule, waarvan Gillis van Coninxloo de voornaamste representant was. In 1595 vestigde Gillis zich echter definitief in Amsterdam.
Werk
Gillis van Coninxloo was de eerste belangrijke schilder van boslandschappen en heeft als zodanig veel invloed gehad op de landschapschilderkunst. Voorheen was het panoramische vergezicht overheersend geweest. In de late zestiende eeuw gaat men zich meer interesseren voor nabijgelegen landschappelijke elementen, zoals een open plek in het bos. Deze verschuiving is zichtbaar in het werk van bijvoorbeeld Jan Brueghel de Oude en Paul Bril.