Gravin Charlotte Johanna van Waldeck-Wildungen (Slot Arolsen, 13 december 1664 – Hildburghausen, 1 februari 1699), Duits: Charlotta Johanna Gräfin von Waldeck-Wildungen, officiële titels: Gräfin zu Waldeck und Pyrmont, was een gravin uit het Huis Waldeck en door huwelijk hertogin van Saksen-Saalfeld.
Charlotte Johanna was het vierde van de zeven kinderen van graaf Josias II van Waldeck-Wildungen en gravin Wilhelmina Christina van Nassau-Siegen. Al haar broers en zusters overleden op zeer jonge leeftijd.
Charlotte Johanna huwde in Maastricht op 2 december 1690 met hertog Johan Ernst van Saksen-Saalfeld (Gotha, 22 augustus 1658 – Saalfeld, 17 december 1729), de zoon van hertog Ernst I van Saksen-Gotha. Zij was de tweede vrouw van Johan Ernst. Uit dit huwelijk werden de volgende kinderen geboren:
Via haar zoon Frans Josias is Charlotte Johanna de betovergrootmoeder van koning Leopold I van België en de oudmoeder (moeder van de betovergrootvader) van koningin Victoria van het Verenigd Koninkrijk.