Tijdens de Reformatie ging de Mindener bisschop over naar het lutheranisme. Het katholieke diocees Minden hield na 1550 feitelijk op te bestaan. In 1648 werd het bisdom formeel opgeheven, door de Vrede van Westfalen, waaraan de laatste bisschop van Minden overigens had meegewerkt: Franz Wilhelm von Wartenberg[1].
In de negentiende eeuw werden de diocesen in het noorden van Duitsland opnieuw ingedeeld. Het gebied ten westen van de Wezer van het oude diocees Minden werd deel van het bisdom Osnabrück, ten oosten van de Weser werd het deel van het bisdom Hildesheim. Het gebied direct rond de oude bisschopsstad, dat tot de Pruisische provincie Westfalen behoorde, kwam bij het aartsbisdom Paderborn.
