Sultan Muhammad Johan Shah III ibni Sultan Nazreen merupakan pemerintah Ayuthia ke-3. Nama asal baginda ialah Tunku Mohammad Chan. Baginda memerintah dari tahun 1388 hingga 1395.
Tunku Mohammad Chan pernah dilantik menjadi Raja Daerah Beruas. Baginda ditabal dengan nama Sultan Muhammad Johan Shah III pada tahun 1388 setelah tamat pemerintahan Sultan Salehuddin Mu'adzam Shah. Baginda bergelar Thong Chan.
Baginda berkongsi kuasa dengan ayahanda baginda, Sultan Nazreen. Pemerintahan Sultan Muhammad tamat dan digantikan oleh Sultan Rahman Laksemana.
Memerintah bersama: Sultan Nazreen