Sebanyak 12 pasukan yang mara dari pusingan kedua (lapan juara dari setiap kumpulan dan empat naib juara kumpulan terbaik) akan dibahagikan kepada dua kumpulan yang terdiri daripada enam pasukan untuk bermain dalam perlawanan tempat sendiri dan tempat lawan secara timbal balik dalam kumpulan masing-masing. Dua pasukan teratas setiap kumpulan akan layak ke Piala Dunia FIFA 2022, dan dua pasukan di tempat ketiga akan mara ke pusingan keempat. Sekiranya Qatar menjuarai Kumpulan E atau menjadi antara empat naib juara terbaik, mereka akan layak ke Piala Asia 2023 sahaja. Naib juara kelima terbaik akan mengambil tempat Qatar di pusingan ketiga kelayakan Piala Dunia.
Undian untuk pusingan ketiga akan diadakan setelah pusingan kedua selesai.
Setiap kumpulan mengandungi satu pasukan dari setiap enam balang. Jadual setiap kumpulan akan ditentukan secara automatik berdasarkan pasukan masing-masing pasukan.
Nota: Pasukan dalam Huruf tebal layak ke Piala Dunia. Pasukan dalam Huruf condong mara ke pusingan kempat.
Pasukan ditarik secara berturut-turut ke dalam Kumpulan A dan B. Pasukan dari setiap balang ditugaskan ke kedudukan kumpulan mereka diikuti dengan jumlah perintah peringkat kumpulan, misalnya pasukan Balang 1 ditugaskan ke A1, dan dilanjutkan.
Disebabkan oleh pandemik COVID-19 di Asia, FIFA mengumumkan pada 12 Ogos 2020 bahawa perlawanan kelayakan yang akan dijadualkan pada 2020 akan dipindahkan ke 2021,[6] dan pada 11 November, Jawatankuasa Pertandingan AFC juga mengumumkan bahawa pusingan akhir Kelayakan Asia akan bermula pada bulan September 2021 dan selesai pada Mac 2022.[7]
