Brunei dan Filipina mempunyai hubungan diplomatik formal. Brunei mempunyai kedutaan di Makati, Metro Manila manakala Filipina mempunyai kedutaan di Bandar Seri Begawan.
Sebelum pencerobohan British ke Brunei dan pencerobohan Sepanyol ke Filipina yang meletakkan wilayah itu di bawah Mexico, Empayar Brunei ialah tuan atas kerajaan Filipinam Kesultanan Sulu dan Kerajaan Maynila seperti yang dibuktikan oleh hubungan kekeluargaan antara Rajah Matanda dari Manila, Dayang-Dayang (Puteri) Mechanai dari Sulu, dan Sultan Bolkiah Brunei. Kerajaan-kerajaan tersebut mempunyai hubungan diplomatik antara satu sama lain, dan raja-raja negara ini membentuk puak diraja Melayu Muslim serantau yang saling kait, bersama dengan Melaka, Brunei, Pontianak, Samarinda, Banjarmasin, Manila dan Sulu. Pada masa yang lebih awal, menurut sejarah Yuan, "Gazetir Laut Selatan" yang disusun semasa zaman Dade dalam Dinasti Yuan (Yuan Dade Nanhai zhi; 元大德南海志), Brunei (dikenali sebagai Poni) secara bergantian kalah dalam peperangan menentang atau memerintah beberapa kerajaan Filipina, termasuk Butuan, Sulu, Ma-i (Mindoro), Malilu (kini Manila), Shahuchong (kini Siocon), Madja atau dikenali sebagai Yachen (Oton) , dan Wenduling (Mindanao.[1][2]
Hubungan diplomatik formal antara Filipina moden yang bersatu dan Brunei yang baru merdeka bermula pada 1 Januari 1984.[3]
Presiden Filipina Benigno Aquino III, membuat lawatan negara ke Brunei pada 1–2 Jun 2011, dan melawat negara itu semula pada 23 September 2012 untuk menghadiri majlis diraja perkahwinan Puteri Hajah Hafizah Sururul Bolkiah.[4]
Sultan Hassanal Bolkiah Brunei membuat lawatan negara pada 15–16 April 2013 ke Filipina untuk membincangkan jawatan pengerusi Brunei dalam Sidang Kemuncak ASEAN. Sultan mengucapkan terima kasih kepada Presiden Aquino atas sokongan Filipina terhadap jawatan pengerusi negaranya ASEAN.[5] Pertikaian Laut China Selatan juga dalam agenda. Filipina menggesa Brunei sebagai pengerusi, untuk mengutamakan kesimpulan kod etika berhubung isu itu. Brunei menyatakan sokongan untuk mewujudkan kelakuan yang mengikat di kalangan pihak yang menuntut dalam pertikaian serantau dan telah berikrar untuk meneruskan kelakuan tersebut.[6]
Presiden Filipina Rodrigo Duterte melakukan lawatan negara pertama ke Brunei sebelum pergi ke sidang kemuncak ASEAN di Laos pada September 2016. Sultan Hassanal Bolkiah dari Brunei kembali ke Filipina pada 26–29 April 2017 untuk lawatan negara dan menghadiri Sidang Kemuncak ASEAN ke-30, yang dipengerusikan oleh Filipina. Sultan bertemu dengan Presiden Filipina Rodrigo Duterte untuk membincangkan isu-isu yang menjadi perhatian bersama mengenai keamanan dan keselamatan.[7] Lawatan terbaru Sultan ke Filipina adalah dari 30 November hingga 1 Disember 2019 untuk lawatan rasmi dan menghadiri upacara pembukaan Sukan Asia Tenggara 2019.[8]
Pada 1983, terdapat kira-kira 8,000 orang Filipina bekerja di Brunei, dengan sebahagian daripada mereka terlibat dalam pembinaan Istana Nurul Iman dan projek-projek lain kerajaan Brunei.[9] Sehingga 2013, terdapat lebih daripada 20,000 warga Filipina yang bekerja di Brunei.[6]
Pada tahun 1993, dalam satu skandal diplomatik yang digelar sebagai "jelitawan Brunei", Senator Ernesto Maceda mendakwa bahawa terdapat pengambilan warga Filipina secara haram di Brunei sebagai pelacur dan penghibur. Putera Jefri, abang kepada Sultan, adalah antara mereka yang dikaitkan dengan skandal itu. Kerajaan Filipina memperkecilkan isu itu dan menyifatkan ia hanya sebagai "urusan Senat" untuk menjaga hubungan antara Brunei dan Filipina.[10]