हिंदू धर्म हा इंडोनेशियातील तिसरा सर्वात मोठा धर्म आहे. २०२३ मध्ये गृह मंत्रालयाच्या नागरी नोंदणी डेटावर आधारित, एकूण लोकसंख्येच्या सुमारे १.६८% (४७ लाख) लोक हिंदू धर्म पाळतात, तर बालीमधील जवळजवळ ८७% लोक हा पाळतात. इस्लामच्या आगमनापूर्वी देशात हिंदू धर्म हा प्रमुख धर्म होता आणि आज इंडोनेशियातील सहा अधिकृत धर्मांपैकी एक आहे.[१] पहिल्या शतकात भारतीय व्यापारी, खलाशी, विद्वान आणि पुरोहित यांच्या माध्यमातून हिंदू धर्म इंडोनेशियामध्ये आला.[२] पूर्व-अस्तित्वात असलेल्या जावानीज लोक धर्म, संस्कृती आणि हिंदू कल्पनांचे एक समक्रमित संलयन, ज्याने ६व्या शतकापासून बौद्ध कल्पनांचे संश्लेषण देखील केले, हिंदू धर्माची इंडोनेशियन आवृत्ती म्हणून विकसित झाली.[३]श्रीविजय आणि मजापाहित साम्राज्यात या कल्पनांचा विकास होत राहिला.[४] १४०० च्या सुमारास, या राज्यांची ओळख किनारपट्टीवर असलेल्या मुस्लिम व्यापाऱ्यांकडून इस्लाममध्ये झाली आणि त्यानंतर हिंदू धर्म, जो पूर्वी या प्रदेशातील प्रमुख धर्म होता, बहुतेक इंडोनेशियाच्या अनेक बेटांमधून नाहीसा झाला.[५][६]