Црквата е изградена од македонското население во градот, тогаш веќе под врховенството на Бугарската егзархија. Првично е основана како мал параклис.[2] Параклисот е отворен на празникот на Свети Наум Охридски на 20 јуни 1873 г. Прв нејзин свештеник бил поп Петар Димитров. Првите старатели биле Димитар Паунчев, Насте Стојанов, Петар Шумков и устабашијата Ѓорѓи Стојанов од Врбница.[3] Храмот се наоѓал во христијанската населба Панагуда, на улица „Бајат“ (денес „Капетан Патрикис“) на стотина метри јужно од централната улица „Егнатија“. Параклисот бил подигнат со доброволни прилози од населението, и во прво време бил мала градба со две простории и ходник.[1]
Црквата подоцна е проширена и отворена на 3 април 1885 г. При проширувањето на параклисот во храм, поставен е камен со посвета на Свети Кирил и Методиј, свечено вѕидан во камениот ѕид од олтарната страна за време на литургија од попот Иван Ангелов од лагадинското (или солунско) село Висока во сослужение со други свештеници. Новиот храм бил изграден од мијачките градители Атанас и Ѓорѓи Митровски.[4]
Со текот на следните години црквата црквата е подновена, направен е друг кат и до неа е подигната камбанарија, а во црковниот двор е изградена мала двокатна куќа за клисарот и свештеникот.
Денес на местото на црквата има станбени згради, а од храмот нема ни трага.[1]
Црковни плочи од „Св. Кирил и Методиј“, денес во параклисот „Св. Кузман“ на Зографскиот манастир
