Клубот е основан на 1 ноември 2004 година и во својата кратка историја има освоено четири титули во А-лигата, како и четири првенства во истата лига, еден ФФА Куп и исто така ја освоиле Лигата на шампионите на Океанија, пред Австралија да се пресели во Азиската фудбалска конфедерација.
До пред почетокот на сезоната 2018–2019, својте домашни натпревари ФК Сиднеј ги играл на Алијанц стадионот, кој имал капацитет од 45.500 места и се наоѓал во предградието на Мур Парк. Откако овој стадион бил срушен била започната изградба на нов на истото место која сѐ уште трае, а привремено клубот ги игра својте домашни натпревари на стадионот Џубили Овал. Фудбалерите на ФК Сиднеј најчесто настапуваат во светлосини дресови и темносини шорцеви.