Најголемиот успех на клубот во натпреварувањата е пласманот во квалификациите за Лига Европа во 2019 година преку победата во финалето од Купот на Македонија.
Историја
Клубот е создаден во 2010 година како академија која работи само со младинските категории, но од 2014-та формира свој прв тим и започнува да се натпреварува во сениорските лиги.
Покрај сениорскиот тим, во 2014 година Горан Пандев инвестирал и во спортската инфраструктура. Истата година започнува изградбата на Спортскиот центар „Пандев“ во Струмица, во непосредна близина на градскиот стадион, кој во иднина треба да послужи како официјален терен на Академијата. Овој центар треба да претставува модерен мултифункционален објект за потребите на младинците и сениорите на ФК Академија Пандев.[1]
Откако го формира својот сениорски тим во 2014 година, Академијата го започнува својот пат од најниската, општинската лига. По една сезона во општинската, и друга во Третата лига, тимот се пласира во Втората лига каде има уште една успешна сезона и во 2017 година го обезбедува својот влез во најелитната Прва македонска фудбалска лига.[2]
На 7 ноември 2020, во рамките на Првата лига 2020/21, Академија Пандев заиграл на својот терен во Спортскиот центар Пандев кој станал негов траен домашен терен.[6][7][8]