Османлиското освојување на Кралството Босна во 1463 година довело до драстични промени во конфесионалната структура на Босна и Херцеговина, при што исламот ги поставил своите почетоци а православното христијанство се проширило во Босна. Султанот Мехмед II ветил дека ќе го заштити православното христијанство и, како и сите православни цркви, Српската православна црква уживала голема поддршка во Отоманското Царство. Османлиите населиле значително православно христијанско население во Босна, вклучувајќи ги и Власите од источен Балкан. Преобраќањето на приврзаниците на Босанската црква, исто така, помогнало во ширењето на источното православие. Подоцна, областите што ги напуштиле католиците за време на Отоманско-хабсбуршките војни биле населени со муслимани и православни христијани. Османлискиот режим доследно ја фаворизирал православната црква над католиците и ги охрабрувал преобраќањата на католиците во православието поради политичка експедитивност: додека целата православна хиерархија била подложена на султанот, католиците биле осомничени за постојан заговор надвор од Отоманското Царство.
Додека на босанските католици им било дозволено само да ги поправат постојните сакрални објекти, во истиот период започнало голема изградба на православни манастири и цркви низ цела Босна на северозападниот дел во 1515 година. Православен свештеник бил присутен во Сараево веќе во 1489 година, а првата православна црква била изградена меѓу 1520 и 1539. До 1532 година, босанските православни христијани имале свој митрополит, кој стапил во официјална резиденција во Сараево во 1699 година. До крајот на XVIII век, босанскиот митрополит имал власт над православните епископи на Мостар, Зворник, Нови Пазар и Сараево. Меѓутоа, дури и високите православни свештеници биле многу лошо образовани и корумпирани. Тие, наводно, не знаеле за основните принципи на верата, како што се Десетте заповеди, исповед, молитви и значењето на крстот. Синкретизмот бил широко распространет кај Босанците[3].
Плимата на крајот се свртела против црквата, кога православното свештенство се откажало од лојалноста кон султаните и почнало да ги охрабрува и помага на селските бунтови. Османлиите ја укинале Српската патријаршија во Пеќ и од крајот на 1760 до 1880 година, православните во Босна и Херцеговина биле директно под Цариградската патријаршија. Таа била предводена од Фанариотите, Грци од Истанбул. Во средината на XIX век, во Босна и Херцеговина имало повеќе од 400 православни свештеници, време на обновен просперитет за источното православие на земјата. Во 1920 година, по Првата светска војна и создавањето на Кралство Југославија, областа повторно се нашла под религиозен авторитет на новооснованата Српска православна црква.
