Националниот парк Пелистер се наоѓа во југозападниот дел на Република Македонија и зафаќа површина од 12.500 хектари. Прогласен е во 1948 година како прво заштитено природно добро во Република Македонија. Се одликува со поголем број врвови и возвишенија повисоки од 2.000 метри, кои меѓу себе се раздвоени со длабоки долини. Највисок врв е Пелистер (2.601 м). Од земјишните облици на Пелистер највпечатливи се т.н. камени реки. Тоа се наклони на релјефот исполнети со блокови од стени со различен состав. Од хидрографските објекти, со посебна природна привлечност се двете леднички езера — Големото и Малото Езеро на Пелистер, познати како „Горски Очи”. Растителниот свет на Пелистер е мошне разнообразен, па оттаму и неговото специфично ботаничко значење. Тука растат 88 дрвни видови, што претставува 29% од вкупната дендрофлора на Македонија. Во растителноста на Пелистер се среќаваат 21 растителна заедница, од кои 8 се шумски а 13 тревни заедници. Од шумските дрвни видови најголема вредност има моликата - домороден вид на петоигличест бор со терциерна старост којшто расте само на неколку планини на Балканскиот Полуостров. Висинската амплитуда на распространувањето на моликата на Пелистер е од 600 до над 2200 метри. НП Пелистер претставува класично наоѓалиште за повеќе од 20 растителни видови, од коишто 2 се локални ендемити. Од ‘рбетниците се среќаваат: 10 видови водоземци, 15 влекачи, 91 вид птици и 35 видови цицачи. Од рибите, значајно е да се истакне присуството на пелистерската ендемска поточна пастрмка (Salmo trutta peristericus) и пелагониската поточна пастрмка (Salmo trutta pelagonicus).
Национален парк Маврово
Мечка во Маврово
Националниот парк Маврово зазема простор од 73.088 хектари и најголем е меѓу трите национални паркови во Македонија. Прогласен е за национален парк во 1948 година. Во границите на паркот се опфатени планините: Кораб, Дешат, југозападните ограноци на Шар Планина, поголем дел од Бистра и северните делови на Крчин. Средишниот дел на националниот парк го зафаќа долината и сливот на реката Радика. Во границите на паркот се среќаваат голем број на интересни морфолошки форми: речни долини, клисури, водопади, карстни полиња, ували, вртачи, пештери, циркови, леднички езера, разни видови на денудациони облици и сл. Од растителноста на паркот најголема застапеност има заедницата од горска букова шума. Како резултат на големата издиференцираност на релјефот, националниот парк Маврово се одликува со извонредно флористичко богатство, коешто се состои од над 1.000 видови виши растенија, од кои, 38 се дрвни видови, 35 грмушки а околу шеесетина се ендемски, реликтни или ретки видови. НП Маврово претставува класично наоѓалиште за 7 растителни видови, единствено е наоѓалиште во Македонија за 12 ретки растителни видови а во границите на паркот се сретнуваат уште 33 видови растенија коишто се многу ретки во останатите делови на Македонија. Фауната на националниот парк Маврово исто така се одликува со значителна разноликост. Таа се состои од 140 видови птици, од кои, позначајни се: сивиот сокол, орелот крстач, суриот (златен) орел, шумскиот буф, големиот буф, ливадската еја, степската еја, како и 11 видови водоземци, 12 видови на влекачи и 38 видови цицачи. Од цицачите најважни се: мечката, рисот, дивокозата и дивата мачка.
Националниот парк Галичица се наоѓа во југозападниот дел на земјата и ги дели Охридското и Преспанското Езеро. Зафаќа поголем дел од планината Галичица (22.750 хектари) и е прогласен во 1958 година заради особените природни убавини и карактеристичниот растителен и животински свет на шумите и шумските предели. Се одликува по положбата што ја зазема меѓу двете езера, потоа, по разгранетата орографија и интересните геоморфолошки облици (длабоки долови, разни видови на карстни форми и леднички земјишни облици). Националниот парк Галичица особено се истакнува по големото флористичко богатство. Тука допираат ареалите на голем број видови растенија, претставници на различни флорни елементи, од коишто некои овде ја достигнуваат северната, односно јужната граница на своето распространување, или пак источната или западната граница. Наоѓалиштата за некои од растителните видови на Галичица се единствени за територијата на Република Македонија. На територијата на паркот се застапени 37 растителни заедници, од кои 20 се шумски. Националниот парк Галичица претставува класично наоѓалиште за 20 видови виши растенија (Cormophytae) од коишто 12 видови се познати само за планината Галичица и за крајбрежјето на Охридското и Преспанското Езеро и претставуваат локални ендеми. Од фаунистички аспект, на подрачјето на националниот парк Галичица регистрирани се 26 ендемски видови. Посебно е интересна бројноста на пеперудите - 1.644 видови, што претставува огромна концентарција за толку мал простор. Според бројната застапеност на 30 видови водоземци и влекачи, Националниот парк Галичица е приближно на исто ниво каква што е застапеноста на херпетофауната на целата територија кај некои од средноевропските земји (Германија, Швајцарија, Австрија и др.). Класата птици на Галичица е застапена со 266 видови, што претставува 84% од вкупната македонска орнитофауна, додека пак бројноста на цицачите (51 вид) претставува 62% од вкупната фауна на цицачи во Македонија.
