Jau 13. gadsimtā Mēmele (senākais Klaipēdas nosaukums) bija iesaistīta jūras tirdzniecībā.[1] Klaipēdas osta vairākus gadsimtus konkurēja ar Gdaņskas un Kēnigsbergas ostu. 20. gadsimta sākumā tā nonāca Lietuvas Republikas Satiksmes ministrijas jurisdikcijā.
Līdz Pirmajam pasaules karam ostas galvenā krava bija kokmateriāli. 20. gadsimtā par ostas precēm kļuva minerāli un celulozes preces. Tika izbūvēta arī zvejniecības un kuģubūves nozares atbalsta infrastruktūra.
Pašreizējais stāvoklis
1991. gadā, pēc Lietuvas neatkarības atjaunošanas, tika izveidota Klaipēdas Valsts jūras ostas pārvalde, kas sāka pārvaldīt ostu un atbalstīt tās integrāciju plašākā Lietuvas transporta sistēmā. Pārvalde ir atbildīga par ostas infrastruktūras uzturēšanu, rekonstrukciju un modernizāciju, savukārt par iekraušanas un izkraušanas operācijām ir atbildīgi atsevišķi neatkarīgi termināļi. Ostas zeme un infrastruktūra pieder valstij, bet notiek privatizācija.
Osta var uzņemt kuģus, kuru garums nepārsniedz 250 metrus ar iegrimi līdz 13,5 metriem. Ostas teritoriju apkalpo divas dzelzceļa stacijas un automaģistrāle, kas savieno Klaipēdu ar Kauņu, Viļņu un tuvāko valstu pilsētām, piemēram, Minsku, Kijivu un Maskavu.
1997. gadā ostā pārkrāvēja 16,13 miljonus tonnu kravu, bet 2010. gadā to apjoms pārsniedza 31 miljonu tonnu. 2010. gadā tika pārvadāti aptuveni 321 000 pasažieru, kuri izmantoja prāmjus, kas kursēja uz Ķīli un Zasnicu (Vācija), Ohusu (Zviedrija), Kopenhāgenu un Fredericiju (Dānija).
2015. gadā ostas pārvalde noslēdza līgumu ar Austrijas uzņēmumu STRABAG, lai padziļinātu kuģošanas kanālu līdz 15 metru dziļumam.