Latviešu vārds "igauņi" ir atvasināts no Ugandi zemes nosaukuma, kas bija galvenā Tālavas latgaļu kaimiņzeme.
Igauņu valodā šobrīd lietotais vārds "eesti" cēlies no ģermāņu valodās lietotā Baltijas jūras austrumu piekrastē dzīvojošo tautu apzīmējuma Eisten ("austrumnieki"). To savā pirmajā ģermāņu cilšu aprakstā lietojis jau Tacits 98. gadā m.ē. : "Aistu ciltīm ir svēbu tērpi un paražas, taču to valoda ir tuvāka britu valodai". Krievu hronikās lietotais igauņu cilšu apzīmējums ir "čudi" (чудь, "savādnieki").[4]
Igauņu pašnosaukums līdz pat 19. gadsimta nacionālajai atmodai bija maarahvas, vārds eestlased sāka lietot tikai akadēmiski izglītoto igauņu nacionālās Atmodas darbinieku iespaidā.[4]
Līdz pat Vidzemes guberņas pastāvēšanas laikam etniskā robeža starp latviešu un igauņu apdzīvotajām zemēm nebija skaidri noteikta. Pēc dzimtbūšanas atcelšanas, bet īpaši pēc 1860. gada igauņu zemnieki iegādājās zemi tagadējā Latvijas teritorijā un pārcēlās uz pastāvīgu dzīvi Rīgā, Valkā, Valmierā un citās pilsētās.
Lielāks skaits igauņu dzīvoja tagadējos Valmieras un Valkas novados, bet arī Alūksnes, Smiltenes un Gulbenes novados, kur viņi tika dēvēti par leiviem.
Pēc Latvijas—Igaunijas robežas nospraušanas 1920. gadā Latvijā dzīvojošo igauņu skaits samazinājās. Pēc 1920. gada tautas skaitīšanas datiem Latvijā dzīvoja 8700 igauņu, visvairāk Valkas un Alūksnes apkārtnē (4100), ap Valmieru (1600) un Rīgā (1600). 1935. gadā Latvijas Republikā dzīvoja tikai 6900 igauņi (0,4% no iedzīvotāju skaita). Pēc Latvijas okupācijas igauņu biedrība un skolas tika likvidētas. Igauņu skaits samazinājās no 4600 1959. gadā līdz 3300 1989. gadā.