Buhāra bija viena no senās Sogdiānas galvenajām pilsētām, kas līdz Maķedonijas Aleksandra iekarojumiem piederēja Ahemenīdu impērijai, pēc tam Seleikīdu impērijai. No 250. līdz 120. gadam p.m.ē. Buhāra atradās patstāvīgas Grieķu–Baktriešu valsts, tad līdz Kušānu valsts sastāvā.
Buhāras uzplaukumu kopš 2. gadsimta p.m.ē. nodrošināja Zīda ceļš, kas veda no Ķīnas uz Eiropu. Mūsu ēras 5. gadsimtā Buhāru ieņēma eftalīti jeb "baltie huņņi", 6. gadsimtā
turki, 7. gadsimtā arābi, kas pakāpeniski islamizēja tās iedzīvotājus.
892. gadā Buhāra kļuva par Samanīdu impērijas galvaspilsētu un nozīmīgu zinātnes un kultūras centru, 11. gadsimtā to iekļāva Karahanīdu valsts, bet 13. gadsimtā Horezmas valsts sastāvā.