Pēc Latvijas okupācijas Otrā pasaules kara laikā 1940. gadā students Ņikonovs iestājās Strādnieku gvardē, pēc Latvijas aneksijas viņš darbojās kā Abrenes apriņķa vecākais[1] un Strādnieku gvardes politiskais vadītājs.[2]Vērmahta iebrukuma laikā devās uz Krieviju, 201. latviešu strēlnieku divīzijas sastāvā piedalījās 1941. gada ziemas Narofominskas kaujās pie Maskavas, apbalvots ar Sarkanā Karoga ordeni.[3] Pēc tam darbojās 10. gvardes armijas politiskajā daļā.
1944. gadā Ņikonovs atgriezās Latvijā, bija LKP Abrenes apriņķa komitejas pirmais sekretārs (1944—1945), LKP Daugavpils apriņķa komitejas sekretārs (1945—1946), Latvijas KP CK sekretārs (1946—1951).
1946. gadā Aleksandrs Ņikonovs kļuva par LKP Centrālkomitejas sekretāru lauksaimniecības jautājumos.
Pēc 1951. gada viņš bija Latvijas PSR Lauksaimniecības ministrs (1951—1961), līdztekus 1959. gadā viņš pabeidza neklātienes studijas Latvijas Lauksaimniecības akadēmiju kā agronoms ekonomists. Divreiz ievēlēts par PSRS Augstākās Padomes deputātu.
Nacionālkomunistu vajāšanu laikā 1961. gadā Ņikonovu atbrīvoja no amata.[4][5]
1962. gadā Aleksandrs Ņikonovs strādāja kādā zinātniskajā iestādē Rīgā un līdztekus aizstāvēja disertāciju un ieguva ekonomisko zinātņu kadidāta grādu. Tomēr viņam aizliedza izdot uzrakstīto un izdošanai jau sagatavoto grāmatu un 1963. gadā viņš bija spiests pārcelties uz dzīvi Stavropoles novadā, kur strādāja par Lauksaimniecības Zinātniski pētnieciskā institūta direktoru (1964—1978). 1973. gadā viņš aizstāvēja ekonomikas zinātņu doktora grādu, 1975. gadā viņu ievēlēja par Vissavienības Lauksaimniecības Zinātņu akadēmijas korespondētājlocekli, bet 1976. gadā — par profesoru.
Pēc pārcelšanas darbā uz Maskavu Ņikonovs bija Vissavienības Lauksaimniecības Zinātņu akadēmijas ekonomikas nodaļas akadēmiķis-sekretārs (1978—1982).
Pārbūves laikā bija Vissavienības Lauksaimniecības Zinātņu akadēmijas prezidents (1984—1992) un PSRS Valsts Agrorūpnieciskā kompleksa (Госагропром) priekšsēdētāja vietnieks.
1990. gadā viņš izveidoja un vadīja Krievijas Agrāro institūtu. 1994. gadā ar referātu piedalījās Pasaules latgaliešu saietā Daugavpilī.[1]
↑Pēc A. Ņikonova atzinuma, patiesais ministra posteņa atstāšanas iemesls bija: "...vajāša... par manu nepiekrišanu daudziem risinājumiem agrārās politikas jomā un citiem īstenotās politikas jautājumiem". russkije.lv