Po Antrojo pasaulinio karo, pasikeitus gyventojų sudėčiai krašte, ėmė dominuoti katalikų tikėjimo žmonės. Katalikų bažnyčia 1958 m. įrengta privačiame gyvenamajame name.
Kapitalinis remontas
2013 m. atliktas bažnyčios kapitalinis remontas. Atidengti bažnyčios pamatai, kapitališkai suremontuotos pažeistos vietos, įrengta pamatų ir cokolio hidroizoliacija, drenažo ir lietaus vandens surinkimo sistemos. Pastato išorė nutinkuota struktūriniu tinku. Sutvarkytos stogo konstrukcijos, užklota nauja stogo danga, pakeisti langai ir durys. Kapitališkai suremontuotos vidaus sienos, lubos, laiptai, paklota nauja grindų danga. Atnaujinta elektros instaliacija. Varpinės pastato išorinės sienos iš naujo nutinkuotos, nudažytos, pakeista stogo danga, langai, įvestas elektros įvadas ir pakeista elektros instaliacija, įrengta apšvietimo sistema, šviestuvai, taip pat varpinės pastato šildymas. Bažnyčios teritorija apjuosta nauja tvora, šventoriuje trinkelėmis išgrįsti takai. Už suaukotas lėšas įsigyti nauji vidaus baldai, altorius.[1]
Varpinė
Varpinė su kitos paskirties patalpomis pradėta statyti 1996 m. Iki tol šventoriuje stovėjo senas medinės varpinės pastatas, kuris nepuošė nei bažnyčios, nei miestelio. Kunigui Romualdui Gečui, vėliau šv. Onos bažnyčioje pamaldas laikiusiam kunigui Ramūnui Gerdauskui pradėjus statyti naują pastatą, į pagalbą stojo miestelio bendruomenė – prisidėjo gyventojai savo jėgomis ir lėšomis. Po kelerių metų, 2003 m., Rambyno regioninio parko iniciatyva buvo siekiama sustabdyti savavališką statybą, nes nebuvo sutvarkyti reikiami leidimai.[2] Šie nesutarimai su vietos bažnyčia išsiplėtojo iki teisinio konflikto, nes vėliau Tauragės apskrities administracija įpareigojo varpinę su parapijos namais apskritai nugriauti. Tik 2009 m. pabaigoje teismas minėtąjį įsakymą panaikino.[3] Vilkyškių parapijai teko gauti trūkstamus dokumentus ir varpinę oficialiai įteisinti, be to, pasirūpinti ir jos išore, kad pastato sienos ir stogo spalva atitiktų regioniniame parke taikomus reikalavimus. 2013 m. remontuojant bažnyčią, buvo sutvarkyta ir varpinė, jos pastate įrengti parapijos namai.
Architektūra
Bažnyčia stačiakampio plano, su šonine zakristija, bokšteliu. Yra 3 altoriai. Šventoriuje stovi varpinės ir parapijos namų pastatas.
