Kaip Indonezijos provincija sudaryta 1963 m. (iš buvusios olandų valdos). Teritorijoje kilo nepriklausomybės siekiąd Laisvosios Papua judėjimas.
2003 m. nuo provincijos atskirta Vakarų Papua provincija, o 2022 m. visa likusi Papua išskaidyta į naujas provincijas, Papua provincijos vardą paliekant šiaurinei daliai aplink Džajapurą.
Geografija
Pietinė dalis kalnuota, tačiau vyrauja lygumos. Paviršių dengia tropinės džiunglės, yra savanų ruožų, o pakrantėse – milžiniški mangrovių sąžalynai. Pagrindinė upė – Mamberamas. Apima Japeno ir Biako salas.