1871 m. gautas leidimas statyti naują medinę bažnyčią. Ji pastatyta 1874 m. XX a. tarpukariu prie bažnyčios veikė pavasarininkai, katalikų vyrų sąjunga, angelaičiai, katalikių moterų sąjungos skyrius. Kurkliuose1930 m. rugpjūčio 17 d. surengtas katalikiškų organizacijų kongresas (dalyvavo vyskupas Mečislovas Reinys, prof. Pranas Dovydaitis). 1938 m., minint Lietuvos valstybingumo atkūrimo 20-metį, prie bažnyčios pastatytas ornamentuotas kryžius. 1939 m. pastatyti parapijos namai.
1998 m. gruodžio 8 d. bažnyčioje kilus gaisrui, sudegė altorius, kilimai, apie 50 m². grindų, pajuodavo visas bažnyčios vidus, deformavosi 11 balsų vargonai (sutaisyti 2010 m.). Gaisro padariniai pašalinti per dvejus metus padedant valdžiai ir parapijiečiams: nuvalytos sienos, suremontuotos grindys, padarytas naujas altorius, baldai, įrengta nauja elektros instaliacija.[1]
Architektūra
Bažnyčia turi liaudies architektūros ir neoklasicizmo bruožų, kryžminio plano, žemu transeptu, su bokšteliu virš frontono. Šventoriaus tvora akmenų mūro, su stulpiniais vartais. Jame yra aštuonkampė medinė varpinė, statyta 1874 m.
