Kaunas yra iškilęs apie 70–80 m virš jūros lygio. Aukščiausias miesto taškas yra IX forte (100,1 m), žemiausias – Nemuno vagoje ties Lampėdžiais. Miesto centras yra 30–35 m aukštyje virš jūros lygio.
Be Nemuno ir Neries mieste priskaičiuojama daugiau kaip 20 mažesnių upelių ir šaltinių.[1]
Didžiausias dirbtinis vandens telkinys yra Lampėdis.
Klimatas
Klimatas žemyninis, vidutinė metinė temperatūra yra +6,5 °C. Šalčiausias sausio mėnuo, kai vidutinė temperatūra būna apie -5 °C, o šilčiausias - liepos mėnuo, kai vidutinė temperatūra siekia apie 17,3 °C. Per metus iškrenta apie 630 milimetrų kritulių. Vyrauja pietvakarių krypties silpni vėjai. Stipriausi vėjai būna lapkričio, gruodžio ir sausio mėnesiais. Pasitaiko karštų vasaros dienų, kai temperatūra viršija +30 °C. Retai žiemomis, nakties temperatūra nukrenta iki -30 °C. Nemunas žemiau Kauno hidroelektrinės retai užšąla, dažnai lieka žiemoti paukščiai.[2]
Kauno miesto ribose yra apie 1174 ha saugomų teritorijų: dalis Kauno marių regioninio parko, kraštovaizdžio ir zoologinių draustinių bei pavienių saugomų gamtos paveldo objektų. Per Kauną eina pagrindinės Lietuvos žuvų migracijos magistralės – Nemunas ir Neris, taip pat yra ir nedidelių upelių: Amalė, Gyris, Gričiupis, Jiesia, Marvelė, Sąnaša, Sėmena, Veršva. Kauno marios – didžiausias Lietuvoje dirbtinis vandens telkinys. Vandenyse aptinkama daugiau nei 30 rūšių žuvų. Mieste ir jo apylinkėse gyvena beveik 1300 rūšių vabalų, apie 700 rūšių drugelių, 47 žinduolių rūšys, yra keli šikšnosparnių draustiniai. Iš rastų 12 šikšnosparnių rūšių, 8 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Migracijos metu Kaune stebėti 24 rūšių paukščiai, įrašyti į Lietuvos raudonąją knygą.
Stambių miesto pramonės įmonių uždarymas ir pažangių technologijų naudojimas lėmė miesto aplinkos kokybės gerėjimą. Mažiausia oro tarša Kauno mieste užregistruota 1996 m., tačiau, atsigaunant ekonomikai, nuo 1997 m. ji pradėjo didėti. Pagrindiniai aplinkos teršėjai Kauno mieste yra transportas, pramonės ir energetikos įmonės. Kadangi dalis miesto yra išsidėstęs upių slėniuose, t. y. žemumoje, tai neretai, ypač vasarą, oro tarša kietosiomis dalelėmis šiuose rajonuose labai padidėja. Didžiausias azoto oksido ir azoto dioksido taršos lygis Kauno mieste sutampa su rytiniu ir vakariniu transporto srautų piku.
Mieste eksploatuojama 1105,5 km vandentiekio tinklų, beveik 940 km buitinių, pramoninių ir lietaus nuotekų tinklų. Centralizuota vandentiekio sistema naudojasi apie 90 % gyventojų. Gyventojai suvartoja apie 68 % geriamos kokybės vandens, pramonės įmonės ir kt. – 32 %. Geriamajam vandeniui paruošti naudojamas gruntinis ir paviršinis vanduo. Jis išgaunamas keturiose vandenvietėse – Petrašiūnų, Eigulių, Kleboniškio ir Vičiūnų. Per parą iš požeminių vandens šaltinių išgaunama daugiau kaip 66 tūkst. m³ vandens.
1999 m. Marvelėje pradėti eksploatuoti mechaninio-cheminio valymo įrenginiai. Tai vieni moderniausių nuotekų valymo įrenginių Lietuvoje. Juos pastačius Nemuno užterštumas sumažėjo 70 %. 2006 m. spalio 17 d. pradėta ir biologinio nuotekų valymo įrenginių statyba, kurie atidaryti 2008 m. rugsėjo 16 d. Nuotekų biologiniam valymui taikoma SYMBIO technologija. Jos metu, iš nuotekų šalinamos organinės medžiagos, fosforo ir azoto junginiai. Veiklusis dumblas, atskirtas antriniuose sėsdintuvuose, grąžinamas į aerotankus.
Supūdytas dumblas nusausinamas ir išgabenamas į poligoną Zapyškio seniūnijoje. Per dieną sukaupiama apie 50 t nusausinto dumblo. Dirbant naujiems valymo įrenginiams, Nemuno ruože nuo Kauno iki Kuršių marių vandens užterštumas sumažės iki 95 %. Išvalytas vanduo atitiks Europos Sąjungos reikalavimus.[4]