Jonijos jūros dugno didžioji dalis – plokščia 3000–4000 m gylio dubuma, nuklota terigeninėmis nuosėdomis.[1] Vandens paviršiaus temperatūra vasarį 14 °C, rugpjūtį 25,5 °C; priedugninio vandens sluoksnio temperatūra apie 13 °C. Druskingumas >38 ‰. Potvyniai kyla kas pusė paros, jų aukštis iki 0,4 m.[2]