Kai kurios Japonijos prefektūros yra skirstomos į subprefektūras (支庁, shichō). Subprefektūra – už prefektūrą mažesnis ir už sritį didesnis Japonijos administracinis vienetas. Paprastai subprefektūroje esti ne daugiau kaip tuzinas miestų ir kaimų. Subprefektūrų pavadinimai paprastai nerašomi siunčiant laišką.
Subprefektūros dabartinėje Japonijos teritorijoje
- Čiba buvo padalinta į penkias subprefektūras iki 2003 m.
- Hokaidas, didžiausia Japonijos prefektūra, padalinta į keturiolika subprefektūrų. Šios suformuotos 1897 m. Iki 1922 m. į subprefektūras neįėjo didžiausieji miestai, tokie kaip Saporas ir Hakodatė.
- Hiogas buvo padalintas į 10 subprefektūrų, kurie dabar žinomi kaip kenmin – kyoku.
- Kagošima padalinta į 2 subprefektūras, esančias Anamio ir Nišinoomotės miestuose.
- Mijadzakis turi vieną vienintelę subprefektūrą Nišiusukyje, tolimoje kalnuotoje apskrityje, esančioje prefektūros šiaurės vakaruose.
- Nagasakis turėjo 3 prefektūras, tačiau dabar egzistuoja tik viena – Cušima.
- Tokijas turi 4 subprefektūras: Hačidžio, Mijakės, Ogasavaros ir Ošimos.
- Okinava turi 2 subprefektūras: Mijako ir Jaejamos. Jos įsikūrusios atitinkamai Mijakodžimos ir Išigakio salose.
- Šimanė, kaip ir Mijadzakis, teturi vieną subprefektūrą.
- Jamagata turi 4 subprefektūras. Visos jos įsikūrusios urbanizuočiausiose prefektūros vietose: Jamagatoje, Šindžyje, Jonėdzavoje, Šionajuje.
Istorinės subprefektūros
Sachalinas
1907 m. Sachalino saloje buvo įkurta Karafuto prefektūra, kuri buvo padalinta į 4 subprefektūras: Tojoharos (dabartiniais laikais – Južno Sachalinskas), Maokos (dabar – Cholmskas), Esutoru (Uglegorskas) ir Šikukos (Makarovas).
Pietų Ramusis vandenynas
Po Versalio taikos Japonija gavo šiek tiek salų pietinėje Ramiojo vandenyno dalyje. 1922 m. salos buvo apjungtos į Nan’jočio prefektūrą (南洋庁, Nan’yōchō), kuri buvo padalinta į šešias subprefektūras Saipano, Japo, Palau, Čiuko, Ponapės ir Džaluito salose. 1943 m. subprefektūros buvo sujungtos į 3 didesnes: rytų, vakarų ir šiaurės subprefektūras, kurios išliko iki 1945 m., iki Japonijos kapituliacijos.
