Per Antrąjį pūnų karą Ardėja buvo vienas iš kelių sąjungininkų, kurie atsisakė kariniu požiūriu padėti Romai, tad po karo neteko savivaldos. III–II a. pr. m. e. miestas po truputį smuko ir Romos imperijos laikais jame buvo labai mažai gyventojų.
Ardėja pradėjo augti tik po IX a. Popiežius Gelasijus II buvo apsistojęs Ardėjos pilyje 1118 m., o vėliau dėl jos varžėsi įvairūs didikai. 1419 m. popiežius Martynas V paskyrė pilį savo Kolonų šeimai, kuri 1564 m. ją pardavė Cezariniams.
1816 m. Ardėja buvo prijungta prie Genzano miesto. 1932 m. buvo nusausintos miesto apylinkės ir miestas vėl suklestėjo. Ardėja tapo Pomecijos dalimi 1948 m. ir nepriklausoma savivaldybe 1970 m.
