Rašytoja gimė Medingėnų dvare (dab. Rietavo savivaldybė) savo motinos Stanislavos Šiukštaitės tėviškėje. Iki dešimties metų augo Labūnavos dvare (dab. Kelmės raj.). Stanislava ir Anupras Pečkauskai buvo apsišvietę dvarininkai: Anupro tėvų namuose buvo didžiulė biblioteka, nemažai senųjų knygų, o Šiukštų šeimoje buvo daug paveikslų. Marija šeimoje buvo vyriausia dukra, po jos dar gimė sesuo Sofija, broliai Steponas ir Vincas.
Su namų mokytojų Juzefos Sumorok ir Cecilijos Sondeckos pagalba išėjusi pradžios mokyklos kursą, su guvernante, atvykusia iš Varšuvos, Sofija Sventožečka, Marija 1891 m. pradėjo ruoštis egzaminams į Sankt Peterburgo Šv. Kotrynos gimnaziją. 1892 m. egzaminus išlaikė į trečiąją klasę, tačiau dėl pablogėjusios sveikatos po pusės metų ji grįžo namo, kur gimnazijos kursą tęsė privačiai.
Dar 1891 m. į namus buvo pakviestas Povilas Višinskis padėti pasirengti į gimnaziją Marijos broliui Steponui. Povilas Višinskis jau tuo metu buvo įsitraukęs į judėjimą už tautinį atgimimą. Povilo Višinskio paskatinta prisidėti prie lietuvybės puoselėjimo Marija pradėjo mokytis lietuvių kalbos ir pramokusi ja toliau kalbėjo.
1894 m. vėlų rudenį į Užventį, kur tada gyveno Marijos šeima, atvyko jaunas kunigas Kazimieras Bukantas. Pečkauskų ir Bukantų šeimos seniai buvo pažįstamos.
Paskatinta bičiulio Povilo Višinskio, Marija Pečkauskaitė nuo 1896 m. Lietuvos periodinėje spaudoje pradėjo spausdinti apsakymus – įvairius kaimo gyvenimo vaizdelius, kuriuose buvo aukštinami žmogaus dvasiniai pradai, smerkiamos moralinės ydos.
1896 m. Marija išvažiavo į Varšuvą, į bitininkų kursus. Šios žinios vėliau jai pravertė ūkyje Židikuose. 1898 m. mirus tėvui Anuprui Pečkauskui, šeima liko be lėšų pragyvenimui. Labūnavos dvaras buvo praskolintas, įkeistas bankui. Apie tą laikotarpį Marija rašė: „Apskritai sakant, visa mūsų šeimyna netikusi praktiškam gyvenimui… Materializmas mums visiems buvo tolimas ir koktus“. Marija mokytojavo dvaruose, kiti vaikai irgi ėmėsi darbo.
1907 m. Marija Pečkauskaitė atsikraustė į Pavandenės dvarą (Telšių apskrityje), į lenkiškos orientacijos dvarininkų Sakelių šeimą, mokyti devynių jų vaikų. Mokytojos įtaka greitai pakeitė Gabrielės Sakelytės mąstyseną. Ši mokytojos ir mokinės draugystė tęsėsi visą gyvenimą. Tapusi gydytoja, Gabrielė Sakelytė – platino lietuviškas knygas, būdama atokių miestelių gydytoja užsiėmė labdara, 1930 m., prieš pat mirtį, slaugė Mariją.
1909 m. Marija Pečkauskaitė pakviesta mokytojauti į Marijampolės „Žiburio“ mergaičių progimnaziją. Jai tuo metu vadovavo kunigas Motiejus Gustaitis. Jis perleido Marija Pečkauskaitei šį darbą – ji buvo faktinė „Žiburio“ progimnazijos vedėja.
Prasidėjus Pirmajam pasauliniam karui ir artėjant frontui, „Žiburio“ progimnazija persikėlė į Trakus, o 1915 m. gegužę evakavosi į Voronežą. Marija nesiryžo dėl sveikatos būklės evakuotis kartu su mokykla. Ji pasuko į Židikus. Tais pačiais metais čia atsikėlė jos motina ir sesuo Sofija bei kunigas Kazimieras Bukantas. Klebono K. Bukanto remiama materialiai, ji galėjo atsidėti literatūrinei veiklai.
Paskutiniaisiais savo gyvenimo metais ji vėl grįžo prie pedagogikos. Nors ir sirgdama, ji stengėsi užsiimti filantropine ir švietėjiška veikla, nuvyko ekskursijon į Rygą, dažnai būdavo gamtoje ir rašė svarbiausią pedagoginį veikalą „Motina – auklėtoja“.
1927 m. Marijai Pečkauskaitei–Šatrijos Raganai už pedagoginius tyrinėjimus buvo suteiktas Vytauto Didžiojo universiteto Garbės daktarės vardas.
Sunkiai ligai sparčiai progresuojant, Marija Pečkauskaitė šešias savaites išgulėjo Kauno karo ligoninėje. 1930 m. liepos 24 d. mirė. Palaidota Židikų kapinaitėse. Prie jos kapo Pikelių klebonas kanauninkas Morkys, jos nuodėmklausys, pasakė: „Šiandien mes čia laidojom šventąją…“.
Slapyvardis
Rašytojos bičiulis Povilas Višinskis ją praminė raganėlės vardu dėl juodų plaukų ir juodų didelių akių. Kitų teigimu, pravardę sugalvojo Židikų gyventojai, mat tik ragana mokėjo šnekėti keturiomis kalbomis ir gydyti medicina.[1] Po vienos išvykos į Šatrijos kalną, kurioje dalyvavo ir Vaižgantas, jai prigijo ir Šatrijos epitetas. Taip atsirado Šatrijos Raganos slapyvardis.
Viktorija Daujotytė. Šatrijos Raganos pasaulyje: gyvenimo ir kūrinių skaitymai. Vilnius: Lietuvos rašytojų sąjungos leidykla, 1997.
Atsiminimai apie Mariją Pečkauskaitę-Šatrijos Raganą Sudarytojos Viktorija Daujotytė, Brigita Speičytė. Vilniaus dailės akademijos leidykla, 1997.
Gediminas Mikelaitis. Kilti ir kelti: Šatrijos Raganos literatūros teologija: monografija. Vilnius: Lietuvių literatūros ir tautosakos institutas, 2012.