아우크스부르크에서 지내는 동안 그는 천문학에 흥미를 느끼게 되었다.
바이어는 고고학과 수학 등의 다른 분야에도 흥미가 있었으나, 그는 천문학에서의 업적, 특히 천구상의 천체들의 위치의 측정한 공적으로 주로 알려져 있다. 그는 평생 결혼하지 않았으며, 1625년 임종했다.[2][3]
요한 바이어는 1603년 아우크스부르크에서 출간된 성표우라노메트리아(Uranometria Omnium Asterismorum)의 저자로 유명하다.[4] 이는 튀코 브라헤의 업적에 기초하며, 알레산드로 피콜로미니(Alessandro Piccolomini)의 1540개 별의 성도 'De le stelle fisse'(고정된 별들의)에서 차용했을 수 있다. 어쨌든, 그는 1,000 개의 별을 추가로 포함시켰다. 이 책은 천구상의 모든 별을 다룬 최초의 항성 목록이었으며, 여기서 바이어 명명법으로 불리는 근대적인 항성 명명법이 처음으로 도입되었다.[3] 바이어의 천문도에는 밤하늘의 남쪽 먼 곳을 채우는 12개의 별자리가 더하여졌으며, 이들은 고대 그리스와 로마의 시대에는 알려지지 않았던 것들이다.[4]