보르네오 FC(인도네시아어: Borneo Football Club)는 동칼리만탄주 사마린다를 연고로 하는 인도네시아의 축구단으로 현재 리가 1에 참가하고 있다.
창단 첫 시즌인 2014 시즌 리가 2에서 우승을 거머쥐며 리가 1 승격에 성공했고 리가 1로 승격된 이후에도 성적을 꾸준히 끌어올린 끝에 2022-23 시즌 4위라는 보르네오 구단 역사상 리가 1 역대 최고 성적을 거두었다.
그리고 2018-19 시즌 피알라 인도네시아를 통해 창단 이후 처음으로 인도네시아 컵대회에 참가하자마자 4강 진출의 돌풍을 일으켰으며 인도네시아 프레지던트컵에서도 2번의 준우승을 차지하는 성과를 거두었다.