바이오펄(BioPerl)[1][2]은 1994년부터 시작된 펄 언어에서도 생명과학분야 모듈 구축 프로젝트 이름이다. 인간 게놈 프로젝트에서 필수적인 역할을 하고 있다.[3]
바이오펄은 바이오라이선스라는 무료/공개 라이선스를 사용한다. BSD와 비슷하고 누구나 상업적 목적으로 아무런 조건 없이 활용할 수 있다. 1995~1996년부터 독일의 게오르그 푸엘런이 주도적으로 모듈개발을 지휘했고 2000년대에 와서는 국제적인 프로젝트로 널리 알려졌다.
기능 및 예시
- 시퀀스를 받아오기 위한 GeoBank 접근 예시
use Bio::DB::GenBank;
$db_obj = Bio::DB::GenBank->new;
$seq_obj = $db_obj->get_Seq_by_acc( # Insert Accession Number );
- 포맷 변환 예시 코드
use Bio::SeqIO;
my $usage = "all2y.pl informat outfile outfileformat";
my $informat = shift or die $usage;
my $outfile = shift or die $usage;
my $outformat = shift or die $usage;
my $seqin = Bio::SeqIO->new( -fh => *STDIN, -format => $informat, );
my $seqout = Bio::SeqIO->new( -file => ">$outfile", -format => $outformat, );
while (my $inseq = $seqin->next_seq)
{
$seqout->write_seq($inseq);
}
- 주어진 시퀀스에 대해 통계를 가져오는 예시
use Bio::Tools::SeqStats;
$seq_stats = Bio::Tools::SeqStats->new($seqobj);
$weight = $seq_stats->get_mol_wt();
$monomer_ref = $seq_stats->count_monomers();
# for nucleic acid sequence
$codon_ref = $seq_stats->count_codons();
같이 보기
각주
- ↑ Stajich, J. E.; Block, D.; Boulez, K.; Brenner, S.; Chervitz, S.; Dagdigian, C.; Fuellen, G.; Gilbert, J.; Korf, I.; Lapp, H.; Lehväslaiho, H.; Matsalla, C.; Mungall, C. J.; Osborne, B. I.; Pocock, M. R.; Schattner, P.; Senger, M.; Stein, L. D.; Stupka, E.; Wilkinson, M. D.; Birney, E. (2002). “The BioPerl Toolkit: Perl Modules for the Life Sciences”. 《Genome Research》 12 (10): 1611–1618. doi:10.1101/gr.361602. PMC 187536. PMID 12368254.
- ↑ http://www.bioperl.org/wiki/BioPerl_publications Archived 2007년 2월 2일 - 웨이백 머신 A complete, up-to-date list of BioPerl references
- ↑ Lincoln Stein (1996). “How Perl saved the human genome project”. 《The Perl Journal》 1 (2). 2007년 2월 2일에 원본 문서에서 보존된 문서. 2009년 2월 25일 (Bioperl.org)에 확인함.
외부 링크
