목화쥐아과(Sigmodontinae)는 쥐상과 비단털쥐과에 속하는 설치류 아과의 하나이다. 다양성이 가장 풍부한 포유류 분류군의 하나로 최소 376종의 신대륙 쥐와 생쥐를 포함하고 있다.[1][2]
다음은 2004년 얀사(Jansa)와 웩슬러(Weksler), 2012년 파브르(Fabre) 등의 연구에 기초한 계통 분류이다.[4][5]
가시겨울잠쥐과
소경쥐과
칼로미스쿠스과
비단털쥐아과
틸로미스아과
숲쥐아과
물밭쥐아과
목화쥐아과
붉은숲쥐과
쥐과