2004 წლის ოქტომბერში ალ-ბაშირის მთავრობამ დაასრულა სუდანის მეორე სამოქალაქო ომი, მეოცე საუკუნის ერთ-ერთი ყველაზე გრძელი და სისხლიანი კონფლიქტი სამხრეთი სუდანისთვის შეზღუდული ავტონომიის მინიჭებით. ალ-ბაშირს ხშირად აკრიტიკებენ მისი მოქმედებისთვის დარფურის კონფლიქტის დროს, როდესაც სუდანის სამხედროების მიერ განხორციელებული ეთნიკური წმენდის შედეგად დაიხოცა 200,000-დან[2] 400,000-მდე არაბი მოსახლე.[3]
