1979年、アメリカ合衆国政府からパナマ政府にパナマ鉄道が譲渡された。1998年6月19日、パナマ政府はパナマ鉄道を民間企業のPanama Canal Railway Company (PCRC、パナマ運河鉄道)に譲り渡した。パナマ鉄道は当初軌間5フィート(1,524mm)の軌道であったが、2000年に再敷設が行われ、軌間4フィート8インチ半(1,435mm)の標準軌に置き換えられた。
Edwards Rail Car companyは、日付の記されていない受領書[4]の中で、おそらく1920年代頃、チリキ鉄道へ鉄道車両を3両引き渡したと報告している。
1930年代と1940年代において、チリキ鉄道はパナマ国内でバナナ栽培と不動産管理を行っていたChiriquí Land Co.(チリキ・ランド・カンパニー、ユナイテッド・フルーツ社の関連会社)と接続していたと言及されている。チリキ・ランド・カンパニーではゼネラル・エレクトリック社の機関車が使用されていた。[5]
1974年以降、チリキ鉄道のインフラ設備は公共事業省(MOP、Ministerio de Obras Públicas)に移管された。そして、20世紀末になるとほとんどの運行は停止されてしまった。21世紀に入ると一部廃止された区間の鉄道橋は農村地帯の橋梁の建設に再利用された。