バーガンザはジョーンズをオフィスへのツアーに招く。その際、新しいアイデアを提案する機会を与えたられたジョーンズは、スタースパングルド・キッド2世と彼女の養父の物語を描くコミック・シリーズ『Stars and S.T.R.I.P.E.』を作成し、1年後に編集者のチャック・キムに提出する。[4]『JSA』の制作に取り組んでいたデヴィッド・S・ゴイヤーやジェームズ・ロビンソンと出会うまでのあいだ、ジョーンズはコミックを副業として続けていくものと考えていた。ところが、『Stars and S.T.R.I.P.E.』を読んだロビンソンから2000年に『JSA』の共同執筆を依頼され、ロビンソン、マイク・カーリンと一緒に作家としてクレジットされたことにより、コミック産業の道を進むことになった。同年、ジョーンズは#164より『フラッシュ』オンゴーイング・シリーズのレギュラー作家となる。『フラッシュ』製作中、ジョーンズは自身の故郷をモデルにしたさまざまな要素を作中に反映させた。本人曰く、「『フラッシュ』を書いていたとき、私はキーストーンシティをデトロイトとみなし、自動車の街にした。私のキャラクターの多くをデトロイト出身なんだ。私は独力で立身したブルーカラーのヒーローこそデトロイトの象徴だと思う。ウォリー・ウェスト版フラッシュもその1人だ。私はこの街や住人からインスピレーションを得て、本の中にも取り入れたんだ」。ジョーンズは#225まで『フラッシュ』に携わった。
2000年、ジョーンズはベン・ラアブと共同でリミテッド・シリーズ『Beast Boy』を執筆、2002年にはパスカル・フェリーと組んでスーパーマンの『Return to Krypton』ストーリー・アークを手掛けた。また、マーベル・コミックスのために『The Avengers』vol. 3 #57-76(2002~2004年)、『Avengers Icons: The Vision』#1-4(2002年~2004年)を政策した後、ジョーンズはホークマンとティーン・タイタンズのリランチを監督した。
2006年、ジョーンズはカート・ビュシークと共同執筆で『スーパーマン』や『アクション・コミックス』のストーリー・アークである『Up, Up and Away!』を手掛けた。また、恩師であるドナー監督ともタッグを組み、ドナーの共同執筆のもと『Last Son』を制作した。ジョーンズが携わったこの時期の他の作品として、デール・イーグルシャムと組んだ『ジャスティス・ソサエティ・オブ・アメリカ』Vol 3、ジェフ・カッツとともに立ち上げた『ブースター・ゴールド』Vol 2、極めて高い評価を得た『グリーンランタン』の『Sinestro Corps War』、シェイン・デイビスと組んだファイナル・クライシスのワン・ショット『Rage of the Red Lanterns』などがあり、『アクション・コミックス』ではスーパーマンの育て親ジョナサン・ケントの死を描く『Brainiac』ストーリーラインや、スーパーマンのオリジンを描き直す『Superman: Secret Origin』をゲーリー・フランクとともに制作した。
^Sands, Rich (January 12, 2009). “Future Tense”. TV Guide: 39.
^Manning, Matthew K.; Dolan, Hannah, ed. (2010). “1990s”. DC Comics Year By Year A Visual Chronicle. London, United Kingdom: Dorling Kindersley. p. 288. ISBN978-0-7566-6742-9. "Geoff Johns showed his love for the obscure corners of the DCU with his title Stars and S.T.R.I.P.E.."