藤田 耕司（ふじた こうじ、1958年 - ）は、日本の言語学者。京都大学名誉教授。Biolinguistics編集委員International Network in Biolinguisticsメンバー[1]。
1980年大阪外国語大学卒業、1982年同大学院修士課程修了。大阪府立大学助手・講師、大阪大学言語文化部講師・助教授、マサチューセッツ工科大学言語学・哲学科客員研究員、1998年京都大学総合人間学部助教授、2007年同大准教授を経て、2008年から2023年まで同大教授。
専門は生成文法・生物言語学・進化言語学。言語の起源・進化、特に回帰的統語演算能力の進化に関する論文など多数。
好きな食べ物はメロンパン。モデルガンの収集を趣味とする。ハードロックやヘヴィメタルなどのロックミュージックにも造詣が深い。
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