根本 直人(ねもと なおと、1958年 - )は、日本の生物学者・進化分子工学者。学位は、博士(学術)(埼玉大学・1996年[1])。埼玉大学大学院理工学研究科物質科学部門教授。
1984年に茨城大学理学部物理学科を卒業後、8年のあいだ千葉県の高等学校教諭を勤める。その間の1989年8月 - 1991年3月、筑波大学の博士課程生物科学研究科に研究生として在籍(指導教官:石坂昭三教授)。1992年、教職を辞して埼玉大学理工学研究科博士課程生物環境科学専攻に入学(指導教官:伏見譲教授)。1996年3月、同専攻博士課程を修了し、博士(学術)の学位を取得[1]。1996年4月、三菱化学生命科学研究所 特別研究員、1997年にin vitro virus(mRNA display)の開発に成功。1999年9月には(株)ジェンコム 主任研究員となる。2003年2月、バイオビジョン・キャピタル(株)研究企画部長となり、2003年10月、独立行政法人産業技術総合研究所ベンチャー開発戦略研究センター ベンチャープランナーに招聘研究員として招かれる。2006年4月、小林利克 産総研スタートアップ・アドバイザー(元ジェンコム社長)、尾崎弘之 東京工科大学大学院教授(元バイオビジョン・キャピタル常務)と共に創薬バイオベンチャー、ジェナシス株式会社を立ち上げ、執行役員・科学最高責任者 (Chief Scientific officer) に就任。埼玉バイオプロジェクト(研究総括:伏見譲、事業総括:大関正弘)の研究員も兼務し、cDNA display法の開発に成功。2008年4月、埼玉大学大学院理工学研究科物質科学部門准教授に就任。2015年4月埼玉大学大学院理工学研究科物質科学部門教授就任。2016年株式会社Epsilon Molecular Engineering社を設立、取締役(兼任)に就任。2017年、同社代表取締役に就任(兼任)。
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