植物園の植物目録は後任のスケイル(Florentius Schuyl)によって続けられ、タバコ、トマト、トウモロコシの栽培が行われ、植物園の評価は高まった。オランダ東インド会社が収集した植物も植物園で栽培された。その後、パウル・ヘルマン(Paul Hermann)、ペーター・ホットン(Peter Hotton)、ヘルマン・ブールハーフェ(Herman Boerhaave)、アドリアーン・ファン・ローエン(Adriaan van Royen)らの有名な医師、植物学者が園長を務めた。ブールハーフェの著書、"Index plantarum quae in horto Lugduno-Batavo reperiuntur"(1710)などが有名である。
Else M. Terwen-Dionisius: Vier eeuwen bouwen in de Hortus. Teil I. (1587–1815). In: Jaarboekje voor Geschiedenis en Oudheidkunde van Leiden en Rijnland. A. W. Sijthoffs, Leiden, 1980, S. 35-65, (PDF Online)
Else M. Terwen-Dionisius: Vier eeuwen bouwen in de Hortus. Teil II. (1815–1980). In: Jaarboekje voor Geschiedenis en Oudheidkunde van Leiden en Rijnland. A. W. Sijthoffs, Leiden, 1981, S. 59-96, (PDF Online)
H. Veendorp & L.G.M. Baas Becking: Hortus Academicus Lugduno-Batavus, 1587-1937. Haarlem & Enschede, 1938. Herausg. 1990 (mit Vorwort von Cornelis Kalkman), ISBN 90-71236-05-6
W.K.H. Karstens & H. Kleibrink: De Leidse Hortus. Een botanische erfenis. Zwolle, Waanders, 1982. ISBN 90-70072-92-0
Gerrit de Graaff et al.: De plantentuinen van Nederland en Vlaanderen. Amsterdam, Boom, 1995. ISBN 90-5352-118-6
Stans van der Veen, Jan de Koning et al.: Hortus botanicus Leiden. Hortus Botanicus Leiden, 2001. ISBN 90-76606-02-1