ホイッテーカーは1902年に出版された「A Course of Modern Analysis(現代解析学教程)の著者としても有名である。この本はジョージ・ネヴィル・ワトソン(英語版)とともに改訂され、第2版が1915年に出版され、英語圏ではホイッテーカー・アンド・ワトソン(Whittaker and Watson)の通称で親しまれる解析学の有名な教科書となった。その人気ぶりは一時期数学における必読書となり解析学の教科書の方向性を位置付けるほどであった。このことは1世紀にも渡って絶版にならずに増刷し続けられたことからもわかるだろう。
余談だが、日本では高木貞治の解析概論などが似たような位置付けだろう。数学者がこのような解析学の専門書を「解析教程」として執筆することは珍しくなく、古くはオイラーやコーシーのものなどが有名であり、イギリスではG・H・ハーディの「A Course of Pure Mathematics」(2013年現在、邦訳は存在しない)なども有名である。日本ではこの本は「モダンアナリシス」というタイトルで邦訳もあるが2013年現在、絶版である。
1910年、ホイッテーカーは「A History of the Theories of Aether and Electricity」(エーテルと電気の歴史)を執筆した。この本ではエーテルがルネ・デカルトに提唱されてからヘンドリック・ローレンツとアルベルト・アインシュタインらの特殊相対論によって葬り去られるまでの歴史を詳述しており、ヘルマン・ミンコフスキーの知られざる業績をも記述しているため、ホイッテーカーは評判の高い科学史家となった。
ホイッテーカーのこの分野の主な業績は二つの論文、The Calculus of Observations: a treatise on numerical mathematics (1924)(観測の計算:数値解論)[9]及びTreatise on the Analytical Dynamics of Particles and Rigid Bodies: With an Introduction to the Problem of Three Bodies (1937)(質点と剛体の解析力学:三体問題への序論とともに)[10][11]があげられる。
さらにホイッテーカーはアーサー・エディントンのFundamental Theory (1946)の編者であり、また研究者になったばかりのころの研究を含む20世紀最初の四半世紀における彼の業績をまとめたFrom Euclid to Eddington, A Study of Conceptions of the External World (1949)(ユークリッドからエディントンまで、外部世界の概念の研究)も著した。
"On the partial differential equations of mathematical physics". Math. Ann., Vol. 57, 1903, p. 333–355.
"On an expression of the electromagnetic field due to electrons by means of two scalar potential functions". Proc. Lond. Math. Soc. Series 2, Vol. 1, 1904, pp. 367–372.
Space and Spirit: Theories of the Universe and the Arguments for the Existence of God. 1946.
The Beginning and End of the World. Riddell Memorial Lectures, Fourteenth Series. Oxford 1942.
Eddington’s Principle in the Philosophy of Science. Cambridge 1951.
A History of the Theories of Aether and Electricity (2nd edition), vol. 1: The Classical Theories / vol. 2: The Modern Theories 1900–1926, London: Nelson, ISBN 0-486-26126-3
From Euclid to Eddington: A Study of Conceptions of the External World. Dover 1958.
"Whittaker Memorial Volume". Proceedings of the Edinburgh Mathematical Society, 1958.
Bearden, T. E., "Gravitobiology : Conception of Edmund Whittaker (papers of 1903-1904)". Tesla Book Co., Chula Vista, CA, USA.